由于基本藥品制度建立，從基層開始，沒有同步全部推行，導致基層缺藥現(xiàn)象比較嚴重，面對耐藥形成的群體，面對患者的用藥習慣，喜歡進口、新特藥的心里，無藥可用，導致看病寧可排隊到大地方，也不愿增加麻煩到基層，導致病人流失現(xiàn)象比較嚴重，還有就是醫(yī)用DR等設備沒有普及到位。

利昂醫(yī)療表示基層醫(yī)療服務能力關鍵在于沒有充分利用市場機制，行政管控下沒有充分放開， 基層醫(yī)療機構，行政管控過度，實行準公務員管理，無形中剝奪基層醫(yī)療機構的事業(yè)法人自主權，無法實現(xiàn)政事分開，管辦分開。行政管控過度，造成基層運轉機制不靈活，效率較低。

由于基層診療范圍受到嚴格的限制，導致很多可以在基層解決的病，向上轉診，導致病人就醫(yī)不方便比較麻煩，造成醫(yī)療服務能力下降。在沒有工資保障的前提下，為了生存還可以冒一些超范圍執(zhí)業(yè)風險，有了基本工資保障，風險承擔下降。

基層醫(yī)療機構，側重物質投入，對人才建設投入不夠，缺醫(yī)少藥診療范圍限制，病源量不足，不能充分發(fā)揮醫(yī)務人員的才能，留人困難重重。

加強公共衛(wèi)生責無旁貸，過分側重公共衛(wèi)生，一些地方甚至錯誤導向，為了完成各種公共衛(wèi)生集中力量，資源錯配極大的浪費了財力和精力，醫(yī)療服務能力的不足和下降，公共衛(wèi)生與診療服務不能很好的結合，反而增加了公共衛(wèi)生的實施的溝通成本，造成兩張皮。